Nel 2256 il comando della EAS Agamemnon viene assegnato al Capitano John J. Sheridan per una missione di pattugliamento del confine dello spazio terrestre della durata di 3 anni, nei quali la nave svolge missioni in parte diplomatiche ed in parte militari.

Nel 2259, a seguito del trasferimento di Sheridan su Babylon 5, il comando passa al capitano James. Nello stesso anno, la nave viene richiamata nei pressi di Babylon 5 per ordine del Generale Hague e si rivela determinante nelle operazioni di salvataggio del suo vecchio comandante, rapito da una nave degli Streib.

Nel 2260 è assegnata al pattugliamento e alla difesa del sistema Solare ed intercetta una White Star nei pressi di Giove, senza però riuscire ad identificarla prima che questa possa fuggire.

Nel 2261, a seguito dell'entrata in guerra di Babylon 5 contro l'Alleanza Terrestre si unisce alle forze ribelli comandate da John Sheridan. In questa occasione, Sheridan utilizza uno Starfury di classe Thunderbolt in dotazione alla EAS Agamemnon per recarsi su Marte. La nave viene in seguito nuovamente comandata da Sheridan durante la fase finale della Guerra Civile Terrestre e svolge il ruolo di nave comando durante gli attacchi per liberare Marte e la Terra.

Proprio durante l'attacco finale alla Terra e nonostante i danni riportati nel combattimento con la griglia difensiva terrestre, la EAS Agamemnon cerca di speronare l'ultima postazione difensiva ancora attiva in un disperato tentativo di evitare che questa possa aprire il fuoco contro il continente Nord Americano. Viene salvata dalla collisione dall'intervento della EAS Apollo, comandata dal Generale Lefcourt.