Figlio del Generale Richard Franklin, uno dei più conosciuti e rispettati eroi di guerra, Stephen non ha passato un'infanzia facile, sia per le continue preoccupazioni per i rischi corsi dal padre nei vari conflitti, sia per il trattamento da veri e propri marine che il padre riservava a lui e alle quattro sorelle.

Franklin è sempre stato affascinato dalla professione medica, fin da quando ha scoperto che il padre è stato salvato da un medico alieno dopo che la sua navetta era stata abbattuta. Caratterizzato da un forte attaccamento al giuramento di Ippocrate, Stephen Franklin ha un carattere deciso, anche se per cercare di soddisfare le richieste sempre più gravose dettate dai ritmi di Babylon 5 ha avuto problemi di abusi di stimolanti.